ROSETTA

脳領域名の正規化パイプライン。論文または脳領域ラベルを入力として、SABRA（BNA + DHBA）の 領域名に変換します。WBRA / BRA駆動開発の一部で、CoBRAC・WholeBIF-RDB・BDBRA が下流に位置します。

現在は設計段階です。 ここにあるのはインタフェース定義と、それを満たすスタブ実装です。 本番実装は各担当が差し込む形になります（担当と実装の入れ方）。

クイックスタート

Python 3.10 以上。外部ライブラリは不要です。

python3 -m rosetta.example

3つの経路（座標経路 / ラベル経路 / ラベル入力）と BIF 転記レポートが表示されます。 中身はスタブなので結果に意味はありませんが、どんなデータが流れるかが分かります。

全体像

論文(DOI) または 脳領域ラベル
        ↓
    ROSETTA 本体          分岐と後処理のみを担当
        ↓
  ┌─ CBM ──────┐  座標取得（NeuroVault / PMC OA）→ SABRA
  │            │  領域ラベル抽出（pubget + LLM）
  └─ RCS ──────┘  ラベル → SABRA 候補の探索
        ↓
  脳領域情報のリスト（SABRA名の分布 / relation / Evidence / Taxon）
        ↓
   BIF 転記アダプタ / CoBRAC

座標が取れるのは論文の 6〜13% で、残りはラベル経路に流れます。実質の主経路はラベル側です。

図は docs/diagrams.md（GitHub 上でそのまま描画されます）。

読む順序

目的	ファイル
各モジュールの取り決め	rosetta/interfaces.py
処理の流れ	rosetta/core.py
データモデル	rosetta/types.py
設計の経緯・判断理由・残件	ROSETTA_design_notes.md
図	docs/diagrams.md

モジュールと担当

モジュール	担当	Protocol
SABRA（アトラス）	田和辻	SabraAtlas
CBM（座標・ラベル抽出）	鈴木	CoordinateToBrainMapper
RCS（候補探索）	宮本	RosettaCandidateSearch（実装は別リポジトリ。本リポジトリの rosetta/adapters/rcs_api.py から HTTP で呼びます）
BIF 転記	山川	rosetta/bif.py（BRA 仕様との整合は田和辻さんに判断いただいています）
ROSETTA 本体	山川	rosetta/core.py

利用側として、CoBRAC（下山）が ROSETTA の出力を BIF の Circuit ID に用います。 8月時点の仮仕様は docs/cobrac_interim_spec.md にまとめてあります。

実装の差し込み方は docs/implementing_a_module.md を参照してください。

構成

rosetta/
├── interfaces.py   各モジュールの取り決め（Protocol）
├── core.py         メインルーチン（処理分岐）
├── types.py        データモデル
├── bif.py          BIF への転記アダプタ
├── coords.py       座標空間の変換（TAL → MNI）
├── jats.py         article.xml から節見出しを取る
├── errors.py       例外
├── adapters/       外部実装を取り決めに合わせる層
│   └── rcs_api.py  RCS API（宮本さんの AWS 環境）のクライアント
├── stubs.py        動作確認用のダミー実装
└── example.py      実行例

docs/
├── diagrams.md              図（Mermaid）
├── figures/                 図の PNG と Graphviz ソース
├── implementing_a_module.md 担当モジュールの実装の入れ方
├── cobrac_interim_spec.md   CoBRAC 向けの仮仕様（8月時点）
├── rcs_handover_checklist.md RCS の引き継ぎで確認したいこと
├── visualization_policy.md  図の作り方・使い分け
├── build_diagrams.py        UML・API リファレンス・HTML の生成
└── build_doc.js             レビュー依頼 docx の生成

docs/generated/・docs/api/・docs/diagrams.html は生成物なので追跡していません。 必要なら次で再生成できます（要 pip install pylint pdoc と graphviz）。

cd docs && python3 build_diagrams.py

未確定事項

設計メモの「残る要確認事項」を参照してください。主なものは次のとおりです。

• NeuroVault 由来の座標に対する Pointers の扱い
• ピーク座標の閾値・検出法
• 非ヒト Taxon の扱い（保留）
• RCS API との差分3点（relation が返らない、HOMBA ID から SABRA ID への解決、AI 判断オプション） → docs/rcs_handover_checklist.md